Le Conseil des Ministres a adopté, le 8 février 2006, la communication de lancement du chantier de migration du plan comptable en assignant comme objectif l'application de la nouvelle nomenclature au projet de budget primitif 2007.
Une commission technique, composée d'un représentant de la Vice Présidence du gouvernement de la Polynésie française, de la Paierie de la Polynésie française, de la Direction du Budget et de la Réglementation Fiscale, du Contrôle des Dépenses Engagés et de la Direction des Finances et de la Comptabilité a été mise en place. L'inspection Générale de l'Administration a également collaboré au projet pour la classe 9 du plan comptable.
Le nouveau plan comptable, adapté aux besoins de la Polynésie française après des réunions avec la totalité des services et ministères ou institutions, a été approuvé par l'Assemblée de la Polynésie française par délibération n° 2006-74 le 15 novembre 2006.
De même, l'instruction comptable fixant le périmètre et les règles d'imputation des opérations de la Polynésie française dans chacun des comptes créés a été adoptée par le conseil des ministres par arrêté n° 1454 le 13 décembre 2006. La rédaction de cette instruction constitue une première pour le pays car ce document devient la source de droit, la référence unique pour tous les acteurs de la vie budgétaire et comptable de la Polynésie française, services liquidateurs comme services de contrôle. Dès lors, les divergences d'interprétation précédentes devraient disparaître.
Le nouveau plan comptable s'inspire du Plan Comptable Général 82 révisé et de l'instruction comptable M52 des départements.
Sans bouleverser la structure du budget, le nouveau plan comptable permet de présenter des comptes annuels plus sincères, grâce aux travaux dits de fin d'exercice pour rattacher toutes les opérations de recettes ou de dépenses à l'exercice de naissance de leur fait générateur (charges à payer, charges comptabilisées d'avance, produits à recevoir, produits comptabilisés d'avance), de faciliter l'opération de consolidation des comptes du pays et de ses satellites, voire de l'opération d'agrégation des comptes de la Polynésie française (acteurs économiques privés inclus).
Par ailleurs, les actions du gouvernement sont visualisées au travers d'un nouveau découpage pérenne du budget en missions et programmes reflétant les grands choix de la politique publique (en matière d'emploi, d'éducation, de santé...), en lieu et place du découpage sectoriel qui existait jusqu'à fin 2006. La mission correspond à un chapitre budgétaire et le programme à un sous-chapitre budgétaire. Le budget étant voté à l'assemblée délibérante chapitre par chapitre, cela revient à débattre du projet présenté par l'exécutif mission par mission. Un tel redéploiement permet donc, pour chaque mission identifiée, de suivre le détail de toutes les ressources employées pour en assurer la bonne mise en œuvre. La mesure analytique des coûts des programmes favorisera, dans le cadre du contrôle de gestion effectué par les responsables de programmes, le pilotage des actions.
Quatre catégories de missions ont été retenues :
les pouvoirs publics et les moyens internes ;
les missions de portée interministérielle qui, de par leur nature, impliquent l'intervention concertée sous la coordination d'une seule autorité, de plusieurs départements ministériels pour être correctement appréhendées. L'affichage au niveau budgétaire et comptable du caractère interministériel de ces dernières devrait permettre de consolider la cohérence gouvernementale ;
les missions à caractère sectoriel dont chaque programme est développé de manière indépendante par un seul département ministériel ;
les opérations non ventilées qui correspondent à la gestion fiscale et financière du pays.